Skip to main content

Table 1 Radiation-induced proteins identified by hierarchical clustering analysis

From: Major soluble proteome changes in Deinococcus deserti over the earliest stages following gamma-ray irradiation

Spot

Protein identification

Protein description

Time (h) post irradiation

   

2

4

6

8

22

30

   

FC (2/ct)

%VOL

t-test

FC (4/ct)

%VOL

t-test

FC (6/ct)

%VOL

t-test

FC (8/ct)

%VOL

t-test

FC (22/ct)

%VOL

t-test

FC (30/ct)

%VOL

t-test

sp_60

Deide_12520

DNA gyrase, subunit A

1,64

0,14

<0,01

1,84

0,16

0,02

3,89

0,34

<0,01

3,59

0,31

<0,01

3,68

0,32

<0,01

2,00

0,18

<0,01

sp_101_diff

Deide_15490

DNA gyrase, subunit B

1,82

0,39

<0,01

2,44

0,53

<0,01

3,36

0,72

<0,01

3,07

0,66

<0,01

3,93

0,85

<0,01

2,85

0,62

<0,01

sp_411_diff

Deide_1p01260/ Deide_3p00210

RecAP

2,28

0,16

<0,01

3,31

0,23

<0,01

4,51

0,31

<0,01

5,62

0,39

<0,01

4,91

0,34

<0,01

3,74

0,26

<0,01

sp_445

Deide_20140

GCN5-related N-acetyltransferase

1,29

0,08

0,09

2,21

0,14

<0,01

2,06

0,13

<0,01

2,03

0,13

<0,01

3,35

0,21

<0,01

2,67

0,17

<0,01

sp_445

Deide_19260

response regulator, SarP

1,29

0,08

0,09

2,21

0,14

<0,01

2,06

0,13

<0,01

2,03

0,13

<0,01

3,35

0,21

<0,01

2,67

0,17

<0,01

sp_445

Deide_21840

twitching mobility protein

1,29

0,08

0,09

2,21

0,14

<0,01

2,06

0,13

<0,01

2,03

0,13

<0,01

3,35

0,21

<0,01

2,67

0,17

<0,01

sp_494_diff

Deide_00120

single-stranded DNA-binding protein

2,05

0,37

<0,01

2,85

0,52

<0,01

3,40

0,62

<0,01

3,63

0,66

<0,01

2,84

0,52

<0,01

2,07

0,38

<0,01

sp_523_diff

Deide_2p01380

DNA repair protein PprA

1,81

0,14

0,05

2,66

0,21

<0,01

2,50

0,20

0,04

4,05

0,32

<0,01

4,32

0,34

<0,01

4,13

0,33

<0,01

sp_683_diff

Deide_02990

DNA damage response protein DdrB

4,50

0,57

<0,01

5,99

0,76

<0,01

11,98

1,52

<0,01

10,51

1,33

<0,01

8,86

1,12

<0,01

6,83

0,87

<0,01

sp_61

Deide_12520

DNA gyrase, subunit A

2,51

0,07

<0,01

4,77

0,13

0,01

5,49

0,15

<0,01

5,10

0,14

<0,01

3,66

0,10

0,01

2,42

0,07

0,01

sp_400

Deide_19450

RecAC

1,55

0,28

0,06

3,05

0,55

<0,01

3,12

0,57

<0,01

3,69

0,67

<0,01

5,92

1,07

<0,01

2,64

0,48

ns

sp_488

Deide_13740

signal recognition particle-docking protein FtsY

1,69

0,03

0,12

2,66

0,05

0,06

2,45

0,04

0,01

2,58

0,04

0,02

3,89

0,07

<0,01

0,75

0,01

ns

sp_532

Deide_02842

Type II site-specific deoxyribonuclease

2,13

0,06

0,06

3,22

0,09

0,01

3,10

0,09

<0,01

3,54

0,10

<0,01

3,26

0,09

<0,01

2,04

0,06

0,06

sp_532

Deide_14090

LAO/AO transport system kinase

2,13

0,06

0,06

3,22

0,09

0,01

3,10

0,09

<0,01

3,54

0,10

<0,01

3,26

0,09

<0,01

2,04

0,06

0,06

sp_720

Deide_01160

DNA damage response protein DdrD

1,48

0,07

ns

5,00

0,23

0,03

10,23

0,46

<0,01

10,24

0,46

<0,01

3,29

0,15

0,19

0,67

0,03

ns

sp_58

Deide_19590

ATP-dependent protease La

1,06

0,07

ns

1,43

0,09

0,01

1,28

0,09

0,14

1,34

0,09

0,08

2,06

0,14

<0,01

1,85

0,12

<0,01

sp_58

Deide_12520

DNA gyrase, subunit A

1,06

0,07

ns

1,43

0,09

0,01

1,28

0,09

0,14

1,34

0,09

0,08

2,06

0,14

<0,01

1,85

0,12

<0,01

sp_59

Deide_12520

DNA gyrase, subunit A

1,45

0,06

ns

2,96

0,12

<0,01

2,28

0,09

0,01

4,60

0,18

0,04

6,60

0,26

<0,01

3,67

0,14

<0,01

sp_72

Deide_12100

DNA helicase II (UvrD)

1,16

0,03

ns

1,20

0,03

0,25

0,77

0,02

ns

7,62

0,18

0,10

1,56

0,04

0,04

1,23

0,03

ns

sp_94

Deide_15490

DNA gyrase, subunit B

1,95

0,04

ns

3,80

0,07

<0,01

3,28

0,06

0,01

4,11

0,08

<0,01

4,45

0,09

0,01

4,07

0,08

0,03

sp_132

Deide_02310

dipeptidyl aminopeptidase

1,19

0,04

ns

1,63

0,06

0,01

1,12

0,04

ns

1,73

0,06

0,03

2,62

0,09

<0,01

2,61

0,09

<0,01

sp_307

Deide_23290

GTP-binding protein

1,30

0,07

ns

1,34

0,07

ns

1,12

0,06

ns

1,64

0,09

0,10

1,83

0,10

0,05

1,64

0,09

0,12

sp_353

Deide_16440

biotin synthase/thiamine biosynthesis enzyme

0,79

0,02

ns

1,29

0,04

0,07

5,14

0,15

0,03

2,21

0,07

0,06

2,12

0,06

<0,01

2,17

0,06

<0,01

sp_474

Deide_1p00780

flavin dependant oxidoreductase

1,78

0,04

0,10

1,70

0,04

0,06

1,83

0,04

0,02

1,63

0,04

0,07

1,88

0,04

0,05

1,78

0,04

0,01

sp_595

Deide_15960

NADH dehydrogenase

1,72

0,06

0,02

1,60

0,06

0,04

1,55

0,05

ns

2,18

0,08

0,01

2,82

0,10

<0,01

2,58

0,09

<0,01

  1. FC, fold change; %VOL, averaged spot intensity calculated as the relative volume; ns, not significant; ct, control (average of intensity at time 0 and before irradiation).
  2. When several proteins were identified in the same gel spot, the number of peptides, the percentage of sequence coverage, and the emPAI score of each protein were analysed. If the variation of these parameters were identical between the identified abundant proteins, the global fold change of the spot was assigned to these proteins.
Back to article page

Proteome Science

ISSN: 1477-5956