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Table 1 Canonical interactions in Insulin pathway scored by PPIRank and SAINT.

From: PPIRank - an advanced method for ranking protein-protein interations in TAP/MS data

bait

prey

PPIRank

SAINT

Time

SCs

chico

14-3-3epsilon

Y

Y

0

25, 21, 21

chico

14-3-3epsilon

Y

Y

10

53, 50, 50

chico

14-3-3zeta

Y

Y

0

8, 13, 15,

chico

14-3-3zeta

Y

Y

10

34, 20, 32

dm

Max

N

N

0

0, 0, 1

gig

TSC1

Y

Y

0

5, 8, 3

gig

TSC1

Y

Y

10

3, 4, 5

gig

TSC1

Y

N

30

8, 3, 0

TSC1

gig

Y

N

0

4, 0, 4

TSC1

gig

Y

Y

10

7, 5, 4

TSC1

gig

Y

N

30

12, 12, 0

InR

chico

Y

N

0

3, 21, 0

InR

chico

Y

Y

10

19, 17, 16, 7

InR

chico

Y

Y

30

12, 6

chico

InR

Y

Y

0

17, 21, 21

chico

InR

Y

Y

10

8, 8, 9

lkb1

Mo25

Y

Y

0

16, 3, 1

lkb1

Mo25

N

N

10

0, 1, 3

Pi3K21B

chico

Y

Y

0

11, 8, 3

Pi3K21B

chico

Y

Y

10

18, 25, 18

Pi3K21B

chico

Y

Y

30

25, 31, 3

chico

Pi3K21B

Y

Y

10

2, 3, 9

Pi3K92E

Pi3K21B

Y

Y

0

41, 13, 33

Pi3K92E

Pi3K21B

Y

Y

10

38, 32, 31

Pi3K92E

Pi3K21B

Y

Y

30

52, 2, 5

Pi3K21B

Pi3K92E

Y

Y

0

34, 39, 2

Pi3K21B

Pi3K92E

Y

Y

10

56, 57, 52

Pi3K21B

Pi3K92E

Y

Y

30

51, 58, 69

rictor

Sin1

Y

N

30

0, 3, 3

S6kII

RpS6

Y

Y

0

4, 6, 7

S6kII

RpS6

Y

Y

10

8, 5, 6

S6kII

RpS6

Y

Y

30

8, 8, 11

Thor

eIF-4E

Y

Y

0

60, 64, 40

Thor

eIF-4E

Y

Y

10

39, 52, 45

Thor

eIF-4E

Y

Y

30

60, 34, 46

  1. Equivalent threshold used to select same number of significant interactions in each method. Three time points are shown here (0, 10, and 30 minutes). Y = significant interactions, N = non-significant interactions.