Integrating domain similarity to improve protein complexes identification in TAP-MS data

Table 5 Evaluation results on Gavin_2006 network using MIPS gold-standard.

Quality measures	BGCA+BP	MCL	MCODE	CFinder	RRW	COACH	CODEC-w0	CODEC-w1
Sensitivity	0.425	0.413	0.271	0.334	0.107	0.484	0.451	0.450
PPV	0.626	0.492	0.332	0.330	0.500	0.140	0.486	0.556
Geometric accuracy	0.516	0.451	0.300	0.332	0.232	0.261	0.468	0.500
Complex-wise Homogeneity	0.364	0.279	0.138	0.109	0.104	0.061	0.250	0.273
Cluster-wise Homogeneity	0.812	0.656	0.601	0.532	0.927	0.024	0.060	0.074
Geometric Homogeneity	0.544	0.428	0.288	0.241	0.311	0.038	0.122	0.142
Precision	0.614	0.334	0.212	0.251	0.848	0.058	0.296	0.400
Recall	0.425	0.413	0.271	0.334	0.107	0.484	0.451	0.450
PR value	0.511	0.372	0.239	0.289	0.302	0.167	0.365	0.424
Cluster-wise Jaccard	0.458	0.245	0.146	0.185	0.543	0.042	0.140	0.178
Complex-wise Jaccard	0.331	0.242	0.115	0.128	0.097	0.231	0.289	0.295
Jaccard FMeasure	0.384	0.244	0.129	0.152	0.165	0.071	0.188	0.222
BH-Specificity	0.837	0.655	0.404	0.619	0.739	0.141	0.213	0.273
BH-Sensitivity	0.425	0.302	0.094	0.130	0.087	0.338	0.610	0.658
BH-FMeasure	0.564	0.413	0.152	0.215	0.156	0.199	0.316	0.386

ISSN: 1477-5956