Integrating domain similarity to improve protein complexes identification in TAP-MS data

Table 7 Evaluation results on Krogan_2006 network using MIPS gold-standard.

Quality measures	BGCA+BP	MCL	MCODE	CFinder	RRW	COACH	CODEC-w0	CODEC-w1
Sensitivity	0.438	0.183	0.219	0.290	0.028	0.564	0.420	0.404
PPV	0.590	0.565	0.152	0.342	0.558	0.094	0.386	0.362
Geometric accuracy	0.509	0.322	0.182	0.315	0.124	0.231	0.403	0.382
Complex-wise Homogeneity	0.323	0.202	0.049	0.078	0.037	0.019	0.226	0.215
Cluster-wise Homogeneity	0.828	0.587	0.409	0.656	1.000	0.002	0.015	0.032
Geometric Homogeneity	0.517	0.344	0.141	0.226	0.192	0.007	0.059	0.083
Precision	0.449	0.355	0.069	0.237	0.750	0.040	0.180	0.175
Recall	0.438	0.183	0.219	0.290	0.028	0.564	0.420	0.404
PR value	0.444	0.255	0.123	0.262	0.144	0.150	0.275	0.266
Cluster-wise Jaccard	0.328	0.203	0.055	0.206	0.528	0.034	0.105	0.115
Complex-wise Jaccard	0.330	0.125	0.049	0.103	0.026	0.162	0.250	0.241
Jaccard FMeasure	0.329	0.154	0.051	0.137	0.049	0.056	0.148	0.155
BH-Specificity	0.824	0.280	0.154	0.808	0.875	0.024	0.212	0.337
BH-Sensitivity	0.361	0.098	0.018	0.100	0.032	0.190	0.845	0.781
BH-FMeasure	0.502	0.145	0.033	0.179	0.062	0.043	0.338	0.470

ISSN: 1477-5956