Integrating domain similarity to improve protein complexes identification in TAP-MS data

Table 8 Evaluation results on Krogan_2006 network using CYC2008 gold-standard.

Quality measures	BGCA+BP	MCL	MCODE	CFinder	RRW	COACH	CODEC-w0	CODEC-w1
Sensitivity	0.419	0.269	0.275	0.346	0.036	0.660	0.595	0.562
PPV	0.595	0.653	0.135	0.389	0.739	0.076	0.399	0.422
Geometric accuracy	0.499	0.419	0.193	0.366	0.163	0.224	0.487	0.487
Complex-wise Homogeneity	0.221	0.242	0.036	0.063	0.042	0.015	0.232	0.218
Cluster-wise Homogeneity	0.846	0.706	0.474	0.566	1.000	0.003	0.024	0.048
Geometric Homogeneity	0.432	0.413	0.131	0.189	0.205	0.007	0.075	0.102
Precision	0.428	0.406	0.080	0.352	0.797	0.040	0.206	0.238
Recall	0.419	0.269	0.275	0.346	0.036	0.660	0.595	0.562
PR value	0.423	0.331	0.148	0.349	0.169	0.162	0.350	0.366
Cluster-wise Jaccard	0.321	0.259	0.065	0.304	0.598	0.035	0.138	0.170
Complex-wise Jaccard	0.293	0.171	0.054	0.142	0.029	0.194	0.344	0.323
Jaccard FMeasure	0.306	0.206	0.059	0.194	0.055	0.059	0.197	0.223
BH-Specificity	0.840	0.345	0.226	0.800	0.941	0.047	0.324	0.502
BH-Sensitivity	0.232	0.119	0.017	0.090	0.040	0.196	0.857	0.790
BH-FMeasure	0.363	0.177	0.032	0.162	0.076	0.075	0.470	0.614

ISSN: 1477-5956